Nõo Põhikoolis tegutsevad järgmised ainekomisjonid:
algõpetus, eesti keel, võõrkeeled, loodusained, loov- ja oskusained, matemaatika, sotsiaalained, tugistruktuurid. 

Ainekomisjonid korraldavad koolis erinevaid ainenädalaid, õpilasvõistlusi ning aitavad organiseerida, vahendada ja hallata oma valdkonna maakondlikke õpilasolümpiaade, viktoriine, võistlusi ning väljasõite. Osaletakse erinevates projektides. 

Ainekomisjonide juhid võtavad osa juhtkonna laiendatud koosolekutest, et probleemide lahendamisel ja kooli arendamisel kaasa rääkida.  Ühtlasi on ainekomisjonide juhid info vahendajateks oma komisjoni ja kooli juhtkonna vahel.